Думаю грунт для рассады должен быть хорошо обработан.
Если нет проблем с качеством почвы или заболеваниями, то конечно лучше всего использовать натуральные подкормки. Например, почву я на своем участке подготавливаю осенью. Для этого очищаем от сорняков и предварительно распределив навоз по всей поверхности, перепахиваем выделенный участок. Когда высаживаю рассаду, то подливаю настоем из разведенной навозной жижи с добавлением древесной золы.
В период вегетации (если не достаточен рост) использую собственного приготовления аналог Байкала М1. Благодаря ему перцы растут дружно и при своевременном поливе созревают равномерно, без деформации.